方储定居的歙东乡于建安十三年（２０８年）建置为始新县［②c］，到隋文帝仁寿三年（６０３年）新安县（由始新改名）改隶睦州［③c］，从此不再属徽州。汉唐间方氏的活动并不限于歙东乡，他们与徽州本土（不含东乡）的联系是十分密切的，例如方储炼丹处即在歙县柳亭山（今名霞坑）。但是，方氏向徽州本土大规模移民，建立宗族定居点，则是在唐代末期了。
最先向徽州本土迁徙的是方储季子洪的后代２９世羽。羽的父亲肃于唐文宗七年（８３３年）登进士，任杭州仁和县令，三年后迁桐庐万户，始居白云村，为白云村始祖。肃有三子，长子ｈｕī翚无传；次子干唐僖宗时以诗名江之南，人称玄英先生；羽为季子，也善诗文。干和羽是方氏迁徙徽州本土１０个大派的共祖，十分重要。唐宣宗大中十三年十二月（８６０年１月）裘甫率众起义于浙东，这场历时七个月的起义揭开了唐末农民大起义的序幕，震动了整个浙江。咸通元年（８６０年）羽率家人退避到“居万山中”的歙县茆田。《联临分派世系》载羽小传云：“唐咸通元年与从孙甲之子景云避裘甫乱，挈家寓居歙西临河，筮者告以遇田则止，于是卜筑茆田，颜其庐曰师古，读书自适，因以家焉，是为联临派始祖”［④c］。羽五传琪迁联墅，珍居临河。联墅、临河隔丰乐水相望，与茆田相近，形成联临派的基本格局。
第二支迁入徽州的是３３世杰兴。杰兴乃方储次子觌之一脉。后唐长兴元年（９３０年）由歙东乡迁居歙县。《灵山方氏宗谱序》（１５４３年）记述其迁徙的原因是“避五季之乱”。杰兴是为灵山派始祖。第三支迁入的是３３世景玘。景玘乃方储季子洪一脉，系２９世干的后裔。《方村分派世系》载，“黟侯三十三世孙景玘公字公玉，仕唐为浙江廉使，致政归田，值世变乱，避地而居于歙南，以姓名其村”［⑤c］。第四支则为第３４世承威，字可畏，又名彦成、三公。承威系干之后裔。关于承威迁徙瀹坑的原因，《方氏会宗统谱》卷七《瀹坑派始迁》的记载是：“宋景德甲辰（１００４）自古睦州白云村避仇而迁歙南方巷井坞，即今瀹坑，是为瀹坑派始祖”。《方氏族谱序》（１５２５年）则认为：“三公，又曰彦成，值唐末藩镇割据自白云源徙歙之瀹坑。”该谱另一篇序言也说：“有三公者当唐末藩镇割据自桐庐迁歙之瀹坑”。上述两说，时间上互异，原因也不同，但不管是避仇还是避乱，社会的动荡不安是引起承威这一支迁徙的原因。
唐末五代的社会动乱造成了方氏第二次迁徙，他们由歙东乡、桐庐向徽州山区移民，从而促进了地域社会的开发。据《新安名族志》的不完全统计，汉晋南朝时迁入徽州的有１３个大族，占７８个名族的１６．６％，而唐朝、五代迁入徽州的达３７个大族，占总数的４７．４％强。就方氏而言，参与明初宗支合同的１０个大派中的４个是在这一时期迁居徽州的。可见。唐末五代是向徽州移民的第二次高潮，其广度和深度远远超过由汉代方纮开始的第一次移民潮。
社会动乱是方氏向徽州山区迁徙的第一位原因。宋代佘坡分派的形成直接与方腊起义相关（在本文第二部分论述）。元末明初的社会动乱造就了歙淳方氏的最后一个分派－－磻溪。磻溪派始祖天泽是方储５４世裔孙，属干的一脉。天泽原属苏村派。苏村位于徽杭通道一侧，居交通要冲。《磻溪成性派·天泽小传》载：“元至正壬辰（１３５２）寇氛扰攘，乡曲备历艰危，继以征敛繁杂……祖居当孔道，因避地卜迁，与诸父昆季徙于磻溪家焉”［①d］。《方氏族谱》（磻溪成性堂抄本）对天泽迁徙的经过及原因作下述说明：“因红巾作乱，祖居地当孔道，避于磻溪之上。待洪武定鼎始偕昆季卜居，后裔奉为成性祠始祖，是为成性派”［②d］。磻溪在深山更深处，安全自然更有保障。
方氏族人对宗族的归属感是建立在尊祖敬宗的基础上的。上述在祖宗面前不分贫富人人平等的观念便是由此派生的，其理论根源便是儒家学说的核心－－孝。方氏《成性祠宗谱叙》（１６４４年）云：“子与子言孝，父与父言慈，兄与兄言友，弟与弟言恭，推之与事君者言忠，与交友者言信，皆孝也。”孝派生忠，忠也是孝，“百行孝为先”。由此而推导的结果是，当孝与忠发生冲突时，作出孝优于忠的选择也是合于儒家伦理的最高原则，也是理所当然的。《方氏会宗统谱》卷一九《太学广居方先生墓志铭》记载，方启大以“祖父母在不敢以身从”为由，拒绝参加抗清斗争，不但未遭到人们非议，反而被作为孝的典范受到环岩方氏的推重，其墓志铭也上了方氏会宗统谱。儒家学说本是以家庭伦理为基础构筑起来的，所以孝被推崇到至尊至高的地位。这套理论对维持农业时代农村宗族、家庭的稳定十分有利。只要能保持家的利益不受损害，在孝的理念下，完全可以心平气和地接受改朝换代的事实。
在方腊起义的过程中，受打击的另一支方氏是柘田派。《柘田分派世系》方愚（４５世）小传载：“宣和之难，奉亲避于穷山，兄弟被戮，室庐灰烬，创兴于平复之后，葺墓修谱，追溯渊源，后世赖以传焉。”柘田方氏所受的打击是双重的。《续方氏家乘序》（１４６４年）云：“愚祖遭兵燹，后获抵升平。”［③g］遭“兵燹”而不称“寇”，是指柘田受方腊的株连而遭宋兵打击。这是明代天顺年间写的序，而当事人在宋代却未便称“兵燹”，只是强调自己“清白相承”，这是可以相印证的。同时，方腊对柘田本家的叛逆和打击，也可见于愚的谱序：“蒙又以族系日繁不可具载方册，略书世代名行纪于家谱之后，自元英先生干以来至我高祖承之，祖行共十一世，叙成一图，传宗人之家各图诸壁，庶几举目知敬，不幸贼炬一焚，悉为煨烬。”谱图付之一炬，这是方腊对宗族统治的宣战和讨伐。
柘田方氏在经历方腊和宋兵的双重打击之后，迅速地重建宗族统治，《方氏谱牒序》（１１３０年）云：“渐创屋业，会骨肉于离散之后，定宗盟于扰乱之余，亲族得以再聚。”愚小传所称“葺墓修谱”都是宗法统治重建的象征。
《方氏族谱序》（１７００年）指出祠堂、谱牒可以“济宗法之穷也”：“吾乡聚族而居，居必有祠，而大宗祠必建于始迁之族，与庶子祭必于宗子之家义犹相近，而谱牒因此以系，凡昭穆继序、嫡庶相承、尊卑长幼、爵位名号与夫忠孝节义、幽贞阃范斑斑可考，虽数千年之族，松分叶散，而入其祠观其谱凛然有不可犯之色，则宗谱者所以济宗法之穷也。”在徽州宗族社会，一个个富有张力的生存系统，在祠堂、谱牒、祖坟的维系下，不断地延续、再生，“以静制静”，从而构成农村社会“静态”的景观。
中国传统社会的转型始于１６世纪，其标志是资本主义萌牙的诞生。由于传统社会特有的结构，直至１９世纪中叶，新经济的因素仍处于萌芽阶段，因此社会转型始终是沉重而难以启动。传统中国特有的结构之一便是农村宗族制度。在社会转型的过程中，宗族自身又有什么变化呢？这一变化对地域社会的影响如何？为了深入探讨这些问题，我们将历史的视角稍往前拉，从转型前最后一次王朝交替，即元明之间的动乱开始观察，以便作出比较，把握转型期的特征。
方氏宗族受族人方腊的“连累”，致受沉重打击。除了柘田、佘坡外，其他方氏派系也不同程度受“连累”。《联墅方氏源流序》（１３０８年）云：“独怅祖宗文集家传谱记毁于五季及宣和。”方村《锦庭方氏家谱序》（１２４２年）云：“干戈纷乱之后，版籍图书大都厄于兵燹。”方氏所遭打击是普遍而深刻的，以至理学家郑玉在为这个“东南为第一大族”的《方氏族谱》（１３２４年）撰写序言时，告诫方氏子弟：“立身修德以光大其门闾，使家声复振，斯谱之传不坠，此则谱外意也，方氏子孙勉之。”可见直至元代，方氏“家声”仍未“复振”。元未明初，改朝换代的战争也给这个山区宗族带来巨大的灾难。《临河方氏本宗源流考》（１４８４年）载：“元朝之乱抽点富民婴城固守。后归我太祖高皇帝遂籍于兵，调征不停，既成混一，分隶诸卫，无复得守乡土，纪于载册。吾宗富盛之族全徙于军者七去其五，加以贫乏不能自存，流散走死，不知其有几也。所得存于临河者是亦其幸欤。”《方氏会宗统谱》联临分派世系没有具体披露元末明初方氏被“乱抽点”和“籍于兵”的情况，但其他分派世系有涉及这方面的内容。例如《柘田派居马源》载，第５４世聚师（１３４２－１４１４年），“父以有司令拒红巾贼，死于饶州，时聚年甫十二，能哭奔贼寨，获父首归葬”。聚师第４子春童（１３６３－１４０１年）“建文三年辛巳充百长，部领赍粮赴德州，回至徐州卒”。这些资料可以印证元末“乱抽点”和明初“徙于军者七去其五”之说的真实，以及动乱对地域社会，哪怕是群山怀抱之中的地区，也是影响深刻的。撰于明永乐戊子（１４０６年）的方氏《家谱续通序》惊呼：“数十年间尊祖之义扫地矣！”元末明初战乱后，方氏宗族的重建其方向仍是农村到农村。到１５世纪末的弘治年间，徽州农村社会又恢复了本文开头所引的“闾阎安堵”、“比邻敦睦”的情景，人口与土地的矛盾再度突出。
１６世纪初的正德、嘉靖年间，商品经济的发展，资本主义萌芽的滋生，给了徽州前所未有的震荡，其深度和力度超过了历史上任何一次战乱和灾异。首先是宗族迁徙和重建的方向转为以农村到城镇为主，这与社会转型是合拍的。方氏因经商而迁徙的城镇几乎遍及全国，而以江、浙、赣、鄂、川以及闽、粤、鲁地为盛。我们知道，徽商的兴盛是与其对盐业的把持相关的。方氏经营盐业起于明初，柘田派等５５世赵童（１３６２－１４１４年）“洪武间诏济边储，时甫弱冠，资装赴甘肃易粟输公”［①h］。这是方氏以边商身份开中纳粟经营盐业最早的一例。因边地遥远，方氏为边商者不多。弘治间开中折色，内商兴起，徽商得地理之便，在两淮盐场迅速崛起。迁徙于扬州、江都、泰州、仪真等城市的方氏都直接与盐业相关。而迁徙于汉口、荆襄、江西等两淮引盐销售口岸的方氏其经营往往也与盐业有关。这是方氏迁徙的一个重点方向。以联临派为例，１６世纪前，联临方氏的迁徙主要是在徽州境内及境外近地。联临派居联墅钟英门最早迁扬州的是４４世祐孙，时在明初。其后从１６世纪下半叶的万历年间到１８世纪上半叶的乾隆初年，即从５３世到５９世，临联方氏不断地迁往扬州
方氏联临派从嘉万至乾隆初向远地的迁徙，除集中于扬州、临清处，还涉及四川、贵州、汉口、襄阳、海州、湖广、天津、镇江、常州、苏州、通州、常熟、湖州、孝丰等地，只是较扬州、临清人数为少。
１６世纪初的正德、嘉靖年间，商品经济的发展，资本主义萌芽的滋生，给了徽州前所未有的震荡，其深度和力度超过了历史上任何一次战乱和灾异。首先是宗族迁徙和重建的方向转为以农村到城镇为主，这与社会转型是合拍的。方氏因经商而迁徙的城镇几乎遍及全国，而以江、浙、赣、鄂、川以及闽、粤、鲁地为盛。我们知道，徽商的兴盛是与其对盐业的把持相关的。方氏经营盐业起于明初，柘田派等５５世赵童（１３６２－１４１４年）“洪武间诏济边储，时甫弱冠，资装赴甘肃易粟输公”［①h］。这是方氏以边商身份开中纳粟经营盐业最早的一例。因边地遥远，方氏为边商者不多。弘治间开中折色，内商兴起，徽商得地理之便，在两淮盐场迅速崛起。迁徙于扬州、江都、泰州、仪真等城市的方氏都直接与盐业相关。而迁徙于汉口、荆襄、江西等两淮引盐销售口岸的方氏其经营往往也与盐业有关。这是方氏迁徙的一个重点方向。以联临派为例，１６世纪前，联临方氏的迁徙主要是在徽州境内及境外近地。联临派居联墅钟英门最早迁扬州的是４４世祐孙，时在明初。其后从１６世纪下半叶的万历年间到１８世纪上半叶的乾隆初年，即从５３世到５９世，临联方氏不断地迁往扬州。
山东也是方氏迁徙的一个重要方向。联临派居联墅黑楼门５５世嘉言、嘉训同迁济宁小闸口；承庆门５０世雄才、僖、*[仁去二加郊]，５１世文＠⑨嘉靖年间“俱迁临清”；新屋门４５世九皋迁临清；慎业门居信行第５０世符“迁居临清，符之次子元修由恩贡授北直深泽令”临清、济宁均为运河边上的重镇，商业素称繁兴，是徽商麇集之地。谢肇浙《五杂俎》称，“山东临清十九皆徽商占籍。商亦籍也。往有一学使苦欲逐之，且有祖父皆领山东乡荐，而子孙不许入试者，尤可笑也。”方氏迁居山东，经商致富，延师教子，子弟科举入仕。这种局面说明方氏在临清已颇为得势。
